Odjeljenje za usklađivanje podsticaja u poljoprivredi, šeme ruralnog razvoja i harmonizaciju platnih sistema i registara je jedno od Odjeljenja Ureda za harmonizaciju i koordinaciju sistema plaćanja u poljoprivredi, ishrani i ruralnom razvoju BiH. Nadležnosti  Odjeljenja su aktivnosti vezane za proces interne harmonizacije i koordinacije platnih sistema u poljoprivredi, ishrani i ruralnom razvoju BIH, njihovo postepeno usklađivanje sa zahtjevima EU, pripremanje pravnog i institucionalnog okvira za privlačenje predpristupnih fondova, prikupljanje podataka o podsticajima te daljnje izvještavanje o istim.

Odjeljenje u okviru svoje nadležnosti obavlja i zadatke  koji se odnose na razvoj sistema, procedura, procesa i kontrola u pogledu odobrenih podsticaja i šema ruralnog razvoja. Planira i izrađuje dokumentaciju o šemama podrški u poljoprivredi i ruralnom razvoju u skladu sa zahtjevima EU. Odjeljenje je zaduženo i za obavještavanje relevantnih nadležnih organa države, entiteta i Brčko Distrikta o uvođenju novih ili izmjenama postojećih šema, iznosa ili jedinica pomoći, zahtjevima i uslovima EU.